Kapellen
Het koor en de kapellen rondom het koor vormen het oudste deel van de kerk. Men treft hier nog veel laatgotische elementen aan, zoals de traceringen van de afsluitende balustrades en van de ramen, die in iedere kapel weer andere patronen vertonen.
In de middeleeuwen telde de kerk 34 altaren en tien kapellen. Ze waren ter ere van de patroonheiligen gesticht door gilden en vermogende families. De kapellen deden ook dienst als sacristie, waar het liturgische vaatwerk en de liturgische gewaden werden bewaard.
Na de Alteratie in 1578 deden de kapellen als zodanig geen dienst meer. Ze werden gebruikt als timmerwerkplaats, bergplaats voor de gravenmaker en stookhuis, terwijl de koster een kapel tot keuken had ingericht.
De oudste kapel is de Eggertkapel, rechts van het koor, na het overlijden van Willem Eggert, bouwheer van De Nieuwe Kerk, gesticht door zijn zoon Jan. Op het houten afsluithek staat zijn sterfdatum: 5 juli 1417. Op een kolom is zijn grafteken aangebracht.
Beeldhouwers mochten zich uitleven op de kraagsteentjes onder de vensters, die de vorm hebben gekregen van onder andere trollen, vrouwenfiguren en dikke monniken met wijnkannen in de hand. Op de ramen van beide kapellen zijn 36 familiewapens van vroedschap te zien, gegroepeerd rondom het stadswapen of stadszegel in de vorm van een koggeschip. Een van de familiewapens is van Frans Banning Cocq, de kapitein van de compagnie die is uitgebeeld op het beroemdste schilderij van Rembrandt, De Nachtwacht.